Versterkingsmethode:
Isothermische fluorescentie-PCR: Bij isothermische fluorescentie-PCR vindt DNA-amplificatie plaats bij een constante temperatuur. Dit betekent dat de reactie gedurende het gehele proces bij één constante temperatuur plaatsvindt.
Real-time PCR: Real-time PCR, ook bekend als kwantitatieve PCR (qPCR), maakt gebruik van een thermisch cyclisch proces. Het omvat meerdere temperatuurcycli, waaronder denaturatie-, uitgloei- en verlengingsstappen. Deze temperatuurcycli worden doorgaans geregeld door een thermische cycler-machine.
Temperatuurregeling:
Isothermische fluorescentie-PCR: Zoals de naam al doet vermoeden, handhaaft isotherme fluorescentie-PCR een constante temperatuur tijdens de reactie, doorgaans rond de 60-65 ℃. Dit vereenvoudigt de apparatuur die nodig is voor de reactie in vergelijking met real-time PCR.
Real-time PCR: Real-time PCR omvat thermische cycli, waarbij de temperatuur herhaaldelijk wordt gewijzigd tussen verschillende niveaus (bijvoorbeeld denaturatie rond 95℃, annealing rond 55-65℃ en verlenging rond 72℃). Dit vereist een thermische cycler met nauwkeurige temperatuurregeling.
Detectiemethode:
Isothermische fluorescentie-PCR: Fluorescentiedetectie wordt gebruikt bij zowel isothermische fluorescentie-PCR als real-time PCR. Bij isotherme fluorescentie-PCR worden fluorescentiesignalen echter doorgaans continu gedetecteerd zonder dat er tussen verschillende temperatuurstappen moet worden gefietst.
Real-time PCR: Bij real-time PCR worden fluorescentiesignalen gemeten na elke cyclus van temperatuurverandering (meestal na de uitgloei-/verlengingsstap). Dit maakt real-time monitoring van DNA-amplificatie mogelijk zoals deze plaatsvindt tijdens het thermische cyclusproces.
Toepassingen:
Isothermische fluorescentie-PCR: Deze techniek is geschikt voor bepaalde toepassingen, zoals snelle point-of-care-testen, waarbij eenvoud en snelheid essentieel zijn. Het kan worden gebruikt voor kwalitatieve detectie van specifieke DNA-sequenties.
Real-time PCR: Real-time PCR wordt veel gebruikt voor zowel kwalitatieve als kwantitatieve analyse van DNA. Het is zeer gevoelig en maakt het meten van de initiële hoeveelheid DNA in een monster mogelijk, waardoor het nuttig is voor toepassingen zoals analyse van genexpressie, kwantificering van de virale lading en genotypering.
Samenvattend is het belangrijkste verschil tussen isothermische fluorescentie-PCR en real-time PCR de temperatuurcontrole- en amplificatiemethode. Isothermische fluorescentie-PCR handhaaft een constante temperatuur gedurende de hele reactie en is geschikt voor eenvoudigere, snelle toepassingen, terwijl real-time PCR thermische cycli omvat en wordt gebruikt voor een breed scala aan kwantitatieve en kwalitatieve DNA-analysetoepassingen.